Materiale per il corso di

Struttura e Dinamica Molecolare di Sistemi Biologici

(Corso di Laurea Magistrale in Scienze Chimiche, Curriculum "Struttura, dinamica e reattività chimica")

Anno Accademico 2011-2012

Appunti di lezioni:

• Simulazioni di Molecole di Interesse Biologico (PDF)

Esercitazioni di laboratorio:

• Appunti (PDF)
• Argomenti delle esercitazioni:
  • Laboratorio 1 (7/11/2011) [ripasso UNIX/emacs; costruzione di molecole (mutanti del GPM12) con VMD; minimizzazione potenziale con ORAC]:
  • Laboratorio 2 (14/11/2011) [ Minimizzazione potenziale con ORAC (segue)]:
  • Laboratorio 3 (21/11/2011) [Simulazione MD della molecola nel vuoto (insieme NVE e NVT). Simulazioni nel solvente]:
  • Laboratorio 4 (28/11/2011) [Esercizio individuale: simulazione di un peptide in condizioni di laboratorio con MD standard]: HTML / PDF / PostScript
  • Laboratorio 5 (2/12/2011) [Elaborazione dati e scrittura relazione]:
  • Laboratorio 6 (6/12/2011) [Simulazione REM del peptide. Verifica dell'efficienza del metodo; primo esame dei risultati.]
  • Laboratorio 7 (13/12/2011) [Esame dei risultati delle simulazioni REM: energie delle repliche; andamento di parametri configurazionali]
  • Laboratorio 8 (20/12/2011) [Esercizio individuale: simulazione REM-MD di un piccolo peptide] HTML / PDF / PostScript

Valutazione delle esercitazioni

• criteri di valutazione

• manuale (PDF)

• Istruzioni per l'uso ( PDF, 1.3 MiB)

• I file in formato HTML sono stati tradotti in modo automatico e possono presentare qualche difficoltà di lettura.

Giorgio F. Signorini (giorgio.signorini@unifi.it).
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