- Aprire una sessione facendo login con il nome del vostro utente e
password.
- Aprire un terminale usando il menù principale del Desktop (tasto di
partenza in basso a sinistra).
- Ripassare la ``sintassi generale di un comando''
- Ripassare il ``percorso assoluto e relativo'' per indicare file
e directory
- Ripassare i comandi per la ``gestione essenziale di file e directory''
- Copiare il file /home/infochim/etc/bashrc.global su ~/.bashrc
- Copiare il file /home/infochim/etc/init.el su ~/.xemacs
- uscire dal terminale e rientrare
- differenza tra editor di testo e word processor
- Lanciare [x]emacs, col comando
[x]emacs
- provare a uscire
- rientrare lanciando il comando in background
[x]emacs &
- osservare le varie aree dello schermo
- barra menu
- area di lavoro: il buffer
- riga di stato (Mode Line)
- minibuffer
- menu, scorciatoie e comandi ``complessi''
- help: Apropos, Key, Whereis (locate); Tutorial
- differenza tra buffer e file
- scrivere un piccolo testo e salvarlo su file (es ~/.plan)
- ``editare'' una directory: dired
- Ripassare la tabella sul reindirizzamento di input e output e sulla
pipeline
La molecola del cicloesano è costituita da 6 atomi di carbonio disposti
ad anello con 2 atomi di H legati a ciascun C. È una molecola flessibile:
mantenendo gli stessi legami, gli angoli tra di essi possono cambiare
producendo diverse ``conformazioni'', tra le quali quelle cosiddette
``a sedia'', ``a barca'' e ``avvitata (twisted)'':
- Copia del file con le coordinate e preparazione del file con le energie:
- Creare la directory cicloesano nella vostra home directory.
- Portarsi sulla directory
~infochim/PUB/cicloesano. Essa contiene
il file delle coordinate e le energie della molecola in 35 diverse
conformazioni e un programma per l'estrazione delle energie da questo
file. N.B. Le energie sono state calcolate in modo approssimato
e non corrispondono a quelle attualmente note.
- Selezionare le righe del file contenenti le energie, dando il comando
grep HEAT cyclohexane_movie.xyz
- costruire una pipeline: passare l'output del precedente comando
come input del programma ./cyclo-print-energy (notare i caratteri
./ prima del nome del comando!).
- redirigere l'output della precedente pipeline sul file
~/cicloesano/cyclo.dat
- copiare il file cyclohexane_movie.xyz sulla directory
~/cicloesano
con il nome cyclo.xyz
- Visualizzazione delle varie conformazioni della molecola:
- portarsi sulla directory
~/cicloesano/ e lanciare il comando
vmd in background.
- aprire il file cyclo.xyz (nella finestra ``VMD
Main'' scegliere ``File/New Molecule...'')
- Ruotare la molecola trascinando il mouse in modo che sia visibile
la conformazione ``a sedia'' di partenza.
- Scegliendo Mouse/Label/Atoms e Graphics/Labels,
marcare gli atomi di carbonio 2(index=1) e 5(index=4).
- Scegliendo Mouse/Label/Bonds marcare ora la distanza tra
i due atomi. La distanza verrà rappresentata sulla molecola con una
linea spezzata e un valore
- Scorrere tutte le 35 istantanee (0-34) della molecola nelle varie
conformazioni. Notare che il valore della distanza si aggiorna dinamicamente
- Diagramma delle energie delle varie conformazioni:
- Dalla directory
~/cicloesano/ lanciare il programma gnuplot
- diagrammare i dati del file cyclo.dat, energia conformazionale
in funzione del numero d'ordine dell'istantanea, dando il
comando
plot 'cyclo.dat' using 0:1
I punti formano una curva con un minimo all'inizio, uno secondario
nel mezzo, e uno alla fine.
- Osservando i punti diagrammati e contemporaneamente scorrendo le istantanee
su jmol determinare quali sono i valori della distanza 2-5
ai quali si hanno il primo, il secondo e il terzo minimo.
- editare il file
~/cicloesano/cyclo.min con xemacs
e riportarvi questi valori di minimo della distanza 2-5. Es:
# distanza energia
2.853 -38.67
2.666 -35.42
2.860 -38.71
- uscire da gnuplot dando exit
