Corso di Laurea Magistrale in Chimica delle Molecole di Interesse Biologico

Struttura e Dinamica di Biomolecole - 2005/2006

Laboratorio 2 - (28 marzo 2006)

Preliminari

Copia dei file di dati

1. Creare la directory ~orac e copiarci tutto il contenuto di /home/infochim/biomol/orac
2. Osservare il contenuto delle varie directory

Simulazione di deca-alanina a 300 K nel vuoto.

Prima simulazione

1. portarsi in ~/orac/Ala300 e analizzare il file di input di ORAC: Ala.in .
2. lanciare il programma con output sullo schermo

   orac < Ala.in

3. lanciare il programma con output su file

   orac < Ala.in > Ala.out

4. analizzare l'output
5. trasformare il file della traiettoria (PDB) per poterlo visualizzare in vmd

   grep -v REMARK 15.pdb > a.pdb

   sed 's/TER/END/' a.pdb > b.pdb

   o meglio usando una pipeline

6. Visualizzare il risultato in vmd

Altre simulazioni

Modificare le condizioni di partenza e produrre traiettorie diverse