Corso di Laurea Magistrale in Chimica delle Molecole di Interesse Biologico

Struttura e Dinamica di Biomolecole - 2005/2006

Laboratorio 3 - (4 aprile 2006)

Strumenti UNIX

creazione di script di comandi shell

Abbiamo visto che si può trasformare il file della traiettoria (PDB) per poterlo visualizzare in vmd, con la pipeline

grep -v REMARK 15.pdb | sed 's/TER/END/' > b.pdb

Dato che questo comando verrà usato spesso, per non doverlo riscrivere tutte le volte, possiamo copiarlo su un file, che possiamo chiamare pdb2vmd, e eseguire quel file ogni volta che vogliamo dare il comando:

1. dobbiamo mettere in cima al file la riga ``magica''

   #! /bin/sh

   che dice che questo file va eseguito in una shell

2. inoltre dobbiamo rendere il file eseguibile dando dal prompt il comando

   chmod +x pdb2vmd

3. infine, salviamo questo file nella nostra directory ~/bin dove verrà ``visto'' sempre.
4. modifichiamo lo script per far sì che mandi l'output su standard output per poterlo ridirezionare dalla riga di comando:

   grep -v REMARK 15.pdb | sed 's/TER/END/'

   in questo modo si può ottenere lo stesso risultato di prima dando da prompt

   pdb2vmd > b.pdb

5. modifichiamo ancora lo script per far sì che il nome del file di input possa essere dato da prompt

   grep -v REMARK | sed 's/TER/END/'

   in questo modo si può ottenere il risultato iniziale dando da prompt

   pdb2vmd < 15.pdb > b.pdb

gnuplot

pl 'a.test' u 0:3 w l, 'a.test' u 0:5 w l, 'a.test' u 0:7, 'a.test' u 0:($5+$7)

Simulazione di deca-alanina a 300 K nel vuoto.

Nuove simulazioni

1. portarsi in ~/orac/Ala300 e editare il file di input di ORAC: Ala.in.
2. modificare i parametri (blocco &SIMULATION) in modo da simulare l'insieme N,V,E
3. modificare i parametri (blocco &INTEGRATOR) in modo da salvare le energie sul file definito dall'opzione test_times
4. lanciare il programma con output su file

   orac < Ala.in > Ala.out

5. con gnuplot, verificare la conservazione dell'energia
6. Visualizzare il risultato in vmd

Minimizzazione

1. Selezionare un'istantanea della propria traiettoria e salvarla su file; oppure usare una configurazione distorta, tipo ../pdb/ala20.pdb
2. Portarsi sulla directory ~/orac/Alamin.
3. Modificare l'input Ala.in, in modo da eseguire una minimizzazione dell'energia della molecola:

   &SETUP 
     [...]

     READ_PDB ../pdb/ala20.pdb

   &END

    

   &SIMULATION

     MINIMIZE

     CG 0.00001

     WRITE_GRADIENT

     END

   &END

   &POTENTIAL

   [...]

     CUTOFF 100.

     STRETCHING

   &END

4. lanciare il programma con l'input Ala.in usando l'istantanea salvata come struttura di partenza.
5. ripetere la minimizzazione usando ~/orac/pdb/ala20.pdb come struttura di partenza.
6. Visualizzare i risultati in vmd