Corso di Laurea Magistrale in Chimica delle Molecole di Interesse Biologico

Struttura e Dinamica di Biomolecole - 2005/2006

Laboratorio 5 - (9 maggio 2006)

Simulazione con dinamica guidata nel vuoto

Preparazione input per t=20ps

1. creare la directory ~/orac/Ala_steer e copiarvi il file di input ~infochim/biomol/orac/Ala_steer/Ala.in
2. Notare le modifiche nell'input Ala.in, rispetto alla simulazione senza forzatura, usando il comando ediff di Emacs :
   1. si parte da configurazione già ad $\alpha$-elica

      &SETUP

        CRYSTAL 200. 200. 200.

        READ_PDB ../pdb/ala.pdb

      &END

   2. simulare N,V,T

      &SIMULATION

        MDSIM

        TEMPERATURE 300.0 80.0

        THERMOS

          cofm 30.0

          solute 30.0

          solvent 30.0

          temp_limit 1000.

        END

      &END

   3. aggiornare i time-step

      &INTEGRATOR

        TIMESTEP 4.0

        MTS_RESPA

          step intra 1

          step intra 2

          step nonbond 2 6.

          step nonbond 2 12.

          step nonbond 1 100.

          test_times OPEN energie

        END

      &END

   4. Aggiungere la forzatura lungo il legame tra l'atomo 1 e il 102, con costante di forza 500., da 15.9 a 31.5 Å

      &POTENTIAL

        ADD_STR_BONDS 1 102 500.0 15.9 31.5

        [...]

        STRETCHING HEAVY

      &END

   5. far partire la forzatura da t=2ps a 22ps

      &RUN

        REJECT 1000.

        STEER 2000. 22000.

        TIME 22000. 
        [...]

      &END

   6. stampare il file del lavoro, e la struttura molecolare su file con nomi appropriati:

      &INOUT

        ASCII 100.0 OPEN 20ps.pdb

        PLOT STEER 10.0 OPEN 20ps.wrk

      &END

Visualizzare la dinamica con VMD:

pdb2vmd < 20ps.pdb > 20.pdb

Diagrammare il lavoro in funzione della distanza

1. selezionare righe dal file:

   grep bond 20ps.wrk > 20.plt

1. diagrammare la 5 e 7 colonna con gnuplot:

Ripetere con diverso percorso di forzatura

1. Correggere input
   1. tempi

      &RUN

        [...]

        STEER 3000. 23000.

        TIME 23000.

        [...]

      &END

Ripetere per tempi di forzatura di 50, 200, 500 ps

1. Correggere input
   1. tempi

      &RUN

        [...]

        STEER 2000. 52000.

        TIME 52000.

        [...]

      &END

   2. nomi dei file (eventualmente frequenze di salvataggio)

      &INOUT

        ASCII 100.0 OPEN 50ps.pdb

        PLOT STEER 10.0 OPEN 50ps.wrk

      &END

2. Diagrammare lavori tutti insieme:

   gnuplot

   plot '20.plt' u 5:7 w l, '50.plt' u 5:7 w l

fare un grafico del lavoro in funzione del tempo di forzatura

Si prepara una tabella a mano con emacs