Corso di Laurea Magistrale in Chimica delle Molecole di Interesse Biologico

Struttura e Dinamica di Biomolecole - 2005/2006

Laboratorio 6 - (16 maggio 2006)

Strumenti UNIX

plot

È un comando (fatto da noi) per potere diagrammare file di dati da riga di comando. È un'interfaccia per gnuplot.

avg

Di una colonna di dati, fa media,$\sigma$, etc.

Simulazione con dinamica guidata in solvente.

Run con t=20ps in parallelo

  1. Si deve partire dal restart: copiare il file di input ~infochim/biomol/orac/Ala_solv/steer.in nella directory ~/orac/Ala_solv
  2. sostituire il nome giusto del file di restart e di quelli di output

    &INOUT

      RESTART

        read /home/infochim/biomol/orac/Ala_solv/@I.rst

      END

      ASCII 1000.0 OPEN solv.pdb

      PLOT STEER 16.0 OPEN solv.wrk

    &END

    dove c'è @I mettere il numero della propria postazione, es 12.rst
  3. lanciare il programma (dovrebbe durare meno di mezz'ora)

confronto con altri run

  1. estrarre i dati diagrammabili dal file solv.wrk:

    grep bond solv.wrk > solv.plt
  2. copiare solv.plt su /home/infochim/tmp/ con il proprio nome di account
  3. diagrammare tutte le curve; si può fare in modo compatto con

    plot ~infochim/tmp/* -5,7

calcolare media e $\sigma$

  1. tail -1 *.plt| awk '/bond/ {print $NF}' > dw

    1. si calcolano media e $\sigma$:

    \begin{displaymath} \bar{w}=\frac{1}{N}\sum w_{i}\end{displaymath}


    \begin{displaymath} \sigma=\sqrt{\frac{1}{N-1}\sum(w_{i}-\bar{w})^{2}}\end{displaymath}


    \begin{displaymath} \Delta G=\bar{w}-\frac{\beta\sigma^{2}}{2}\end{displaymath}

  2. Si può fare anche direttamente con

    avg dw
  3. Esattamente, la formula per il $\Delta G$ è

    avg dw |awk 'NR==2 {print $2-.2*$4}'

Visualizzazione e calcolo degli spostamenti atomici (RMSD)

preparare il file della traiettoria

caricare solo la prima e ultima istantanea

  1. caricare la traiettoria; poi distruggere dalla seconda istantanea in poi con Molecule > Delete frames
  2. ricaricare come nuova molecola la stessa traiettoria distruggendo tutte le istantanee meno l'ultima
  3. per entrambe le rappresentazioni scegliere ad es. Drawing method: tube e Coloring method: ColorID
  4. In VMD Main, selezionare la prima molecola come T (top); magari rinominare la due molecole come first e last

calcolo RMSD

  1. Da VMD Main > Extensions > Analysis scegliere RMSD Calculator
  2. Nella finestra in alto a sx eseguire una selezione (ad es. all, o protein)
  3. Verificare che nella finestra in basso a sx sono elencate le due molecole
  4. Calcolare gli RMSD pigiando il bottone relativo
  5. Ripetere, dopo avere allineato (minimizzato le distanze tra gli atomi selezionati) con Align