Materiale per il corso di Struttura e Dinamica di Biomolecole (Corso di Laurea
Magistrale in Chimica delle Molecole di Interesse Biologico)
Anno Accademico 2006-2007
Programma delle esercitazioni
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Minute degli appunti per le esercitazioni di laboratorio:
- esercitazione 1 (20/3/2007) [UNIX, xemacs, gnuplot]:
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- esercitazione 2 (27/3/2007) [ORAC; simulazione di deca-alanina nel vuoto]:
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- esercitazione 3 (3/4/2007) [minimizzazione dell'energia]:
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- esercitazione 4 (17/4/2007) [simulazione con solvente (NVE)]:
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- esercitazione 5 (24/4/2007) [simulazione NVE partendo da conformazione elongata, nel vuoto e in solvente; simulazioni NVT e NpT con solvente]:
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- esercitazione 6 (15/5/2007) [simulazioni con dinamica guidata]:
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ORAC: un programma di calcolo per dinamica molecolare
Dispense di lezioni:
- lezione 3 (13/3/2007) Meccanica statistica. Insiemi microcanonico e canonico:
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- lezione 4 (16/3/2007) Insiemi microcanonico e canonico: approfondimenti ed esempi. Potenziali termodinamici e trasformate di Legendre:
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Risultati dell'esercitazione finale:
NOTE:
- I file in formato HTML sono stati tradotti in modo automatico
e possono presentare qualche difficoltà di lettura.
- Per visualizzare i file in formato PostScript si può utilizzare
il software libero GhostView
Materiale dell'anno accademico 2005-2006
Giorgio F. Signorini.