Corso di Laurea Specialistica in Chimica delle Molecole di Interesse Biologico

Struttura e Dinamica di Biomolecole - 2006/2007

Laboratorio 1 - (20 marzo 2007)

Preliminari

assegnazione account

ripasso UNIX e configurazione utente

  1. Aprire una sessione facendo login con il nome del vostro utente e password.
  2. Aprire un terminale usando il menù principale del Desktop (tasto di partenza in basso a sinistra).
  3. Ripassare la ``sintassi generale di un comando''
  4. Ripassare il ``percorso assoluto e relativo'' per indicare file e directory
  5. Ripassare i comandi per la ``gestione essenziale di file e directory''
  6. Copiare il file /home/signorini/etc/bashrc.global su ~/.bashrc
  7. Copiare il file /home/signorini/etc/init.el su ~/.xemacs
  8. uscire dal terminale e rientrare

Editor di testo: [X]emacs

  1. differenza tra editor di testo e word processor
  2. Lanciare [x]emacs, col comando

    [x]emacs

  3. provare a uscire
  4. rientrare lanciando il comando in background

    [x]emacs &

  5. osservare le varie aree dello schermo

    1. barra menu
    2. area di lavoro: il buffer
    3. riga di stato (Mode Line)
    4. minibuffer
  6. menu, scorciatoie e comandi ``complessi''
  7. help: Apropos, Key, Whereis (locate); Tutorial
  8. differenza tra buffer e file
  9. scrivere un piccolo testo e salvarlo su file (es ~/.plan)
  10. ``editare'' una directory: dired

Diagrammare dati e funzioni: gnuplot

  1. diagrammare file di dati
  2. diagrammare funzioni
  3. fit di una funzione su dati

Esempio dell'uso della riga di comando, di xemacs e gnuplot: distribuzione ``canonica'' di gettoni su una scacchiera

creazione dei dati

Si usa il programma boltz

  1. copiare il file di dati c.in su una directory sotto la propria home
  2. copiare il programma
  3. lanciare il programma con

    boltz c
  4. esaminare i file di output c.out e c.tbl con xemacs

visualizzazione e fit

gnuplot> p(x)=1./q*exp(-beta*x)

gnuplot> fit p(x) 'c.out' u 0:1 via q,beta

gnuplot> plot 'c.out' u 0:1, p(x)