Corso di Laurea Specialistica in Chimica delle Molecole di Interesse Biologico

Struttura e Dinamica di Biomolecole - 2006/2007

Laboratorio 2 - (27 marzo 2007)

Strumenti di calcolo

ripasso shell

  1. Ripassare la tabella sul reindirizzamento di input e output e sulla pipeline

ripasso gnuplot

grafica molecolare: vmd

Simulazioni con ORAC

il programma ORAC

copia dei file di dati

  1. Creare la directory ~orac e copiarci tutto il contenuto di /home/signorini/biomol/orac
  2. Osservare il contenuto delle varie directory

la deca-alanina

Visualizzare la molecola aprendo il file ~orac/pdb/ala.pdb con vmd

simulazione di deca-alanina a 300 K nel vuoto (E,V=cost).

  1. portarsi in ~/orac/Ala300; si analizza il file di input di ORAC (Ala.in), in particolare i seguenti blocchi:

  2. lanciare il programma con output sullo schermo

    orac < Ala.in
  3. lanciare il programma con output su file

    orac < Ala.in > Ala.out
  4. analizzare l'output
  5. trasformare il file della traiettoria (PDB) per poterlo visualizzare in vmd

    grep -v REMARK 15.pdb > a.pdb

    sed 's/TER/END/' a.pdb > b.pdb
    o meglio usando una pipeline

  6. Visualizzare il risultato in vmd