Corso di Laurea Specialistica in Chimica delle Molecole di Interesse Biologico

Struttura e Dinamica di Biomolecole - 2006/2007

Laboratorio 3 - (3 aprile 2007)

Simulazione di deca-alanina a 300 K nel vuoto.

Analisi dei file di input

1. portarsi in ~/orac/Ala300 e visualizzare con xemacs il file di input di ORAC: (Ala.in); cercare la definizione dei file di input della topologia e dei parametri
2. individuare la parte non-bonded nei file dei parametri e della topologia

Analisi delle energie nella precedente simulazione

1. visualizzare il file delle energie ottenuto nella precedente simulazione (molecola nel vuoto a 300 K e E,V=cost) : energie
2. con gnuplot, diagrammare le energie cinetica, potenziale e totale:

pl 'energie' u 0:7 w l, 'energie' u 0:8 w l, 'energie' u 0:9

pl 'energie' u 0:7 w l, 'energie' u 0:8 w l, 'energie' u 0:($7+$8)

Minimizzazione

1. Si esegue la minimizzazione
   1. con due metodi: Steepest Descent e Conjugate Gradient
   2. a partire da una configurazione vicina al minimo (conf di partenza della propria traiettoria), e da una lontana, con l'$\alpha$-elica elongata a 20Å: ../pdb/ala20.pdb
2. Portarsi sulla directory ~/orac/Alamin.
3. Modificare l'input Ala.in, in modo da eseguire una minimizzazione dell'energia della molecola:

   &SETUP 
     [...]

     READ_PDB ../pdb/ala20.pdb

   # oppure:  READ_PDB ../pdb/ala.pdb

   &END

    

   &SIMULATION

     MINIMIZE

     CG 0.00001

   # oppure  SD 0.00001

     WRITE_GRADIENT

     END

   &END

   &POTENTIAL

   [...]

     CUTOFF 100.

     STRETCHING

   &END

4. lanciare il programma con l'input Ala.in usando la struttura di partenza della simulazione: ../pdb/ala.pdb
5. ripetere la minimizzazione usando ~/orac/pdb/ala20.pdb come struttura di partenza.
6. Visualizzare i risultati con vmd