Corso di Laurea Specialistica in Chimica delle Molecole di Interesse Biologico

Struttura e Dinamica di Biomolecole - 2006/2007

Laboratorio 5 - (24 aprile 2007)

Simulazione (N,V,E) in solvente partendo da configurazione elongata

• Ricordare che nel vuoto la molecola, a partire da una configurazione elongata ($L=20$; file ../pdb/ala20.pdb), si elicizza in $\simeq30\, ps$
• Vogliamo vedere che in solvente che l'elicizzazione è più lenta
• Lanciamo la simulazione in solvente e verifichiamo la variazione di struttura con vmd

Simulazione (N,V,T) in solvente

1. preparazione dell'input

   &SIMULATION

     ...

     THERMOS

       cofm 30.0

       solute 30.0

       solvent 30.0

       temp_limit 1000.

     END

   &END

2. verifica delle proprietà del sistema
   1. energie
      1. adesso EREAL non è costante; è costante $ETOT=EREAL+HPOT$ (HPOT=energia del termostato)
      2. infatti EREAL oscilla un po'

Simulazione (N,p,T) in solvente

1. preparazione dell'input

   &SIMULATION

     ...

     THERMOS

       cofm 30.0

       solute 30.0

       solvent 30.0

       temp_limit 1000.

     END

     ISOSTRESS PRESS-EXT 0.1 BARO-MASS 10.0 COMPR 5.3e-4

   &END

2. verifica delle energie

   la quantità conservata adesso è $ETOT=EREAL+HPOT+PV$

3. verifica di altre proprietà
   1. esaminare l'output; le proprietà istantanee e le medie (esclusa equilibrazione) sono stampate a intervalli regolari. Osservare
      1. Volume
      2. Pressione
   2. si può creare un file con l'evoluzione di una proprietà come il volume con il comando

      post-out P="Volume TotPre'' Ala.out

      che può poi essere diagrammato con gnuplot