- Preparazione
- assegnazione account
- ripasso UNIX elementare
- uso di utilità di sistema: xemacs
- uso di applicativi già installati: gnuplot
- Simulazione 300K vuoto N,V,E: input + run + analisi output + visualizzazione
(VMD)
- Simulazioni N,V,E in vuoto, analisi delle Energie e loro diagrammi
con gnuplot; minimizzazione della struttura
- Simulazione in solvente: termalizzazione e analisi delle energie
- Simulazioni negli insiemi (N,V,T) e (N,p,T); analisi delle energie
e delle proprietà del sistema (volume, pressione, ...)
- Dinamica guidata nel vuoto; diagrammi lavoro/distanza con vari percorsi
e velocità di forzatura; calcolo
- Esercitazione finale: Poly-Ala sostituita nel vuoto: calcolo RMSD
e
- Esercitazione finale: scrittura relazione
Vengono valutate globalmente le seguenti conoscenze e capacità emerse
nel laboratorio, in particolar modo nell'esercitazione finale:
- uso del calcolatore in ambiente UNIX
- elaborazione numerica, trattamento degli errori, conoscenze generali
in ambito scientifico
- conoscenze specifiche riguardo all'argomento del corso
- accuratezza dei risultati
- presentazione dei risultati
La valutazione ottenuta viene espressa in trentesimi ed influenza
il voto dell'esame secondo la tabella:
| voto esercitazione |
variazione del voto esame finale |
| da 0 a 12 |
-5 |
| da 13 a 18 |
-3 |
| da 19 a 22 |
-1 |
| da 23 a 26 |
0 |
| da 27 a 28 |
+1 |
| da 29 a 30 |
+2 |