Materiale per il corso di Struttura e Dinamica di Biomolecole (Corso di Laurea Magistrale in Chimica delle Molecole di Interesse Biologico)
Anno Accademico 2007-2008

Appunti di lezioni:

Laboratorio 1 (1/4/2008) [ripasso UNIX, emacs, gnuplot; esercizio su distribuzione canonica]: HTML / PDF / PostScript
Laboratorio 2 (8/4/2008) [Chignolina: ricerca informazioni. Visualizzazione con VMD e preparazione input per simulazione N,V,E nel vuoto]: HTML / PDF / PostScript
Laboratorio 3 (15/4/2008) [Chignolina: minimizzazione energia. Analisi risultati: RMSD]: HTML / PDF / PostScript
Laboratorio 4 (6/5/2008) [Simulazione NVE nel vuoto e in solvente; fase termalizzazione e fase acquisizione. Analisi risultati: energie e stutture]: HTML / PDF / PostScript
Laboratorio 5 (7/5/2008) [Esercitazione individuale: Simulazione di chignolina in acqua: analisi di energie e stutture]: HTML / PDF / PostScript
13/5/2008: Analisi dei dati e stesura relazione
Laboratorio 6 (20/5/2008) [Simulazione NVT in solvente; lancio simulazioni di dinamica molecolare guidata]: HTML / PDF / PostScript
Laboratorio 7 (27/5/2008) [Simulazione di Dinamica Molecolare Guidata: chignolina in acqua nell'insieme (N,V,T). Calcolo dell'energia libera di unfolding.]: HTML / PDF / PostScript

N.B. La relazione sulla terza esercitazione deve essere consegnata almeno una settimana prima dell'esame

NOTE:

I file in formato HTML sono stati tradotti in modo automatico e possono presentare qualche difficoltà di lettura.

Giorgio F. Signorini (signo@chim.unifi.it).

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