Corso di Laurea Specialistica in Chimica delle Molecole di Interesse Biologico

Struttura e Dinamica di Biomolecole - 2007/2008

Laboratorio 2 - (8 aprile 2008)

Chignolina

ricerca informazioni in rete

ricerca info generali

ricercare e scaricare struttura PDB

analisi struttura

Simulazioni con ORAC

il programma ORAC

presentazione del programma e dei file di input e output: http://www.chim.unifi.it/u/signo/did/biomol/orac.pdfhttp://www.chim.unifi.it/u/signo/did/biomol/orac.pdf

copia dei file di dati

  1. Creare la directory ~orac e copiarci tutto il contenuto di /home/signorini/biomol/orac
  2. Osservare il contenuto delle varie directory

preparazione input per simulazione

input principale

Come già visto, definisce tre file di dati

  1. coordinate (PDB)
  2. topologia
  3. parametri di potenziale
Questi file devono usare le stesse convenzioni sui nomi dei

Nell'istruzione JOIN SOLUTE va data la sequenza dei residui, che si può ricavare dal file PDB.

Ricordare che i due residui terminali sono definiti a parte nel file delle topo.

struttura

Si prende la prima struttura, ``traducendola'' per compatibilità con AMBER: ~orac/pdb/chignolin-a.pdb ; si devono modificare i seguenti nomi di atomo:

HA2-> HA1

HA3-> HA2

HB2-> HB1

HB3-> HB2

HG2 PRO ->

HG3 PRO ->

HG2 GLU ->

HG3 GLU ->

HD2 PRO ->

HD3 PRO ->

topologia

parametri di potenziale

simulazione di chignolina a 300 K nel vuoto (E,V=cost).

  1. portarsi in ~/orac/data; si analizza il file di input di ORAC (chigno.in), in particolare i seguenti blocchi:

  2. lanciare il programma con output sullo schermo

    orac < chigno.in
  3. lanciare il programma con output su file

    orac < chigno.in > chigno.out