Corso di Laurea Specialistica in Chimica delle Molecole di Interesse Biologico

Struttura e Dinamica di Biomolecole - 2007/2008

Laboratorio 3 - (15 aprile 2008)

Chignolina: minimizzazione energia

Si può eseguire la minimizzazione

• con due metodi: Steepest Descent e Conjugate Gradient
• a partire da varie configurazioni NMR

preparazione input ed esecuzione

1. Portarsi sulla directory di lavoro (es. ~/orac/data).
2. Creare un input modificato (es minim.in) che esegua una minimizzazione dell'energia della molecola:

   &SETUP 
     [...]

     READ_PDB ../pdb/chignolin.pdb

   &END

    

   &SIMULATION

     MINIMIZE

     CG 0.00001

   # oppure  SD 0.00001

     WRITE_GRADIENT

     END

   &END

    

   &POTENTIAL

   [...]

     CUTOFF 100.

     STRETCHING

   &END

    

   &INOUT

     ASCII 100.0 OPEN minim.pdb

   &END

    

   &RUN

     TIME 3000.0

     PRINT 100.0

     PROPERTY 100.0

   &END

3. lanciare il programma usando la prima struttura NMR (es. chignolin.pdb)

analisi risultati

1. Visualizzare i risultati con vmd
2. Misurare gli RMSD con vmd
3. Analizzare i diversi contributi all'energia:

   post-out P="TotPot NonBond Bonded" chigno.out > ene

   plot -1,2-4 ene

4. Osservare
   1. se vi è correlazione tra variazione nei RMSD e nell'energia
   2. quale modifica conformazionale determina la massima variazione di energia
   3. quale parte del potenziale guida la transizione verso il minimo

(non fatto) ripetere partendo da altre strutture NMR

1. Estrarre una struttura NMR dal file del PDB
2. Modificare i nomi di atomo come per la struttura precedente (vedi lo scorso lab.)