- come struttura di partenza per la chignolina, utilizzare una delle
strutture NMR che si trovano sulla directory
~signorini/biomol/orac/pdb/
con il nome chigno-nn.PDB (
)
- la struttura di una molecola di
è sulla stessa directory,
con il nome water.pdb
- il file topologico contenente i residui della chignolina e la molecola
di acqua è
~signorini/biomol/orac/lib/amber_all.tpg
- il corrispondente file del campo di forze è
~signorini/biomol/orac/lib/amber_all.prm
Utilizzando il programma orac, eseguire una simulazione nell'insieme
N,V,E con le seguenti caratteristiche:
- Temperatura iniziale = 300K
- fase di equilibratura di lunghezza sufficiente (verificare che in
fase acquisizione l'energia cinetica media è stazionaria)
- fase acquisizione = 30 ps
Registrare la struttura del sistema (in formato PDB) con intervalli
di 1 ps.
Spedire il file di output all'indirizzo signo@chim.unifi.it
Nella relazione, discutere la simulazione, riportando i dati che si
ritengono interessanti, tra cui almeno:
- Dati del sistema simulato: volume del box, densità, temperatura
- Durata della simulazione
- Valori medi e deviazioni standard di
- Energia totale, Energia Potenziale, Temperatura
- (eventualmente) altre energie che si ritengano interessanti
- Grafico delle energie totale, cinetica e potenziale in funzione del
tempo, compresa la fase di equilibratura
- Deviazioni quadratiche medie (RMSD) degli atomi pesanti rispetto alla
struttura di partenza:
- valore medio, massimo e minimo sulla simulazione (strutture registrate
ogni 1 ps)
- confronto della RMSD con la RMSD tra le 18 strutture NMR e con la
RMSD della simulazione riportata in letteratura:
http://www.math.chalmers.se/Stat/Bioinfo/SBW2005/talks/SBW2005_T1_Seibert.pdfhttp://www.math.chalmers.se/Stat/Bioinfo/SBW2005/talks/SBW2005_T1_Seibert.pdf
- grafico dell'andamento della RMSD in funzione del tempo
- Figura del sistema nella configurazione finale