Corso di Laurea Specialistica in Chimica delle Molecole di Interesse Biologico

Struttura e Dinamica di Biomolecole - 2007/2008

ssh -X guest@clxx.sm.chim.unifi.it

con $xx=11,\ldots,18$

creare una directory di lavoro (es. ~/orac/ ) e portarcisi sopra.

mkdir ~/orac/

cd ~/orac/
cp -R ~signo/orac/chigno-ese .
cp -R ~signo/orac/lib .
copiare le configurazioni di partenza:
- cd chigno-ese;
- cp ~signo/orac/chigno/1ns/???yy . (yy=11,22, ...,88)

master.sh &

lancia una serie di simulazioni in cascata; la durata di ciascuna simulazione è molto piccola, per fare un primo test

finita la serie, verificare che sono state eseguite le dinamiche guidate, ad es:

plot xx*.wrk -2,7

Modificare i tempi di equilibrazione e di acquisizione in m_.in

$\displaystyle H_{NH}$	$\textstyle =$	$\displaystyle \sum\frac{p_{i}^{2}}{2m_{i}}+U(\mathbf{r})+\frac{p_{\eta}^{2}}{2Q}+\frac{L}{\beta}\eta$	(1)
$\displaystyle EREAL$	$\textstyle =$	$\displaystyle \sum\frac{p_{i}^{2}}{2m_{i}}+U(\mathbf{r})$	(2)
$\displaystyle KINH$	$\textstyle =$	$\displaystyle \frac{p_{\eta}^{2}}{2Q}$	(3)
$\displaystyle HPOT$	$\textstyle =$	$\displaystyle \frac{L}{\beta}\eta$	(4)