Corso di Laurea Specialistica in Chimica delle Molecole di Interesse Biologico

Struttura e Dinamica di Biomolecole - 2007/2008

Laboratorio 7 - (27 maggio 2008) - Esercitazione individuale

Simulazione di Dinamica Molecolare Guidata: chignolina in acqua nell'insieme (N,V,T). Calcolo del $\Delta G$ di unfolding.

Calcolo del $\Delta G$ di unfolding

analisi dei risultati di tutte le simulazioni

1. copiare i file di tutte le traiettorie

   ssh -X stufis06.fisica.unifi.it

   mkdir ~/WRK

   cd ~/WRK

   scp guest@clxx.sm.chim.unifi.it:~signo/WRK/*.plt .

2. diagrammare energia in funzione della distanza; si può fare in modo compatto con

   plot *.plt -5,7

calcolare media e $\sigma$

1. Il lavoro totale di una traiettoria è riportato nell'ultima riga del file relativo, ultima colonna.

   Si può creare un file con tutti i lavori finali con il comando:

   tail -n 1 *.plt| awk '/bond/ {print $NF}' > dw

2. Calcolare media e $\sigma$:

   
   

   $$\bar{w}=\frac{1}{N}\sum w_{i}$$
   
   

   
   

   $$\sigma=\sqrt{\frac{1}{N-1}\sum(w_{i}-\bar{w})^{2}}$$
   
   

   Media e $\sigma$ si possono calcolare anche direttamente con

   avg dw

3. Calcolare la differenza di energia libera:
   
   $$\Delta G=\bar{w}-\frac{\beta\sigma^{2}}{2}$$
   
   

   Tenendo conto che a $T=300$, $\beta^{-1}=2.5 kJ/mol$, questa formula si può programmare con

   avg dw |awk 'NR==2 {print $2-.2*$4}'

Visualizzazione e calcolo degli spostamenti atomici (RMSD)

caricare solo ultima istantanea di ciascun run

1. copiare i file PDB dell'ultima istantanea

   ssh -X stufis06.fisica.unifi.it

   mkdir ~/LAST-PDB

   cd ~/LAST-PDB

   scp guest@clxx..:~signo/LAST-PDB/* .

2. caricarle in VMD:

   vmd *.PDB

3. calcolo RMSD

   Col metodo consueto, calcolare gli RMSD delle configurazioni finali

Relazione (consegnare entro la fine delle lezioni o almeno una settimana prima dell'esame)

Riportare in una relazione i risultati, ed il confronto con i dati pubblicati