Materiale per il corso di Struttura e Dinamica di Biomolecole (Corso di Laurea Magistrale in Chimica delle Molecole di Interesse Biologico)
Anno Accademico 2008-2009

Appunti di lezioni:

• Simulazioni di Molecole di Interesse Biologico (PDF)

Appunti per le esercitazioni di laboratorio:

• Laboratorio 1 (24/3/2009) [ripasso UNIX, emacs, gnuplot; esercizio su distribuzione canonica]: HTML / PDF / PostScript
• Laboratorio 2 (31/3/2009) [esercizio su distribuzione canonica. Preparazione input per MD di chignolina: PDB, Force Field e Topologia]: HTML / PDF / PostScript
• Laboratorio 3 ( 7/4/2009) [Chignolina: minimizzazione energia; simulazione N,V,E nel vuoto]: HTML / PDF / PostScript
• Laboratorio 4 (21/4/2009) [Chignolina: simulazioni N,V,T nel vuoto e in solvente]: HTML / PDF / PostScript
• Laboratorio 5 (28/4/2009) [Esame della simulazione svolta; simulazioni di lunga durata della Chignolina in conformazione naturale e elongata]: HTML / PDF / PostScript
• Laboratorio 6 ( 5/5/2009) [Risultati delle simulazioni di 50 ns; calcolo dell'energia libera di unfolding da simulazioni di Dinamica Guidata]: HTML / PDF / PostScript
• Laboratorio 7 (12/5/2009) [Risultati delle simulazioni di 50 ns; calcolo dell'energia libera di unfolding da simulazioni di Dinamica Guidata]: HTML / PDF / PostScript
• Laboratorio 8 (19/5/2009) [Risultati delle simulazioni di 10 ns; calcolo dell'energia libera di unfolding da simulazioni di Dinamica Guidata; simulazione REM]: HTML / PDF / PostScript

Valutazione delle esercitazioni

• criteri di valutazione

• Presentazione: PDF
• manuale

• Istruzioni per l'uso ( PDF, 1.3 MiB)

• I file in formato HTML sono stati tradotti in modo automatico e possono presentare qualche difficoltà di lettura.

Giorgio F. Signorini (signo@chim.unifi.it).
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