Corso di Laurea Specialistica in Chimica delle Molecole di Interesse Biologico

Struttura e Dinamica di Biomolecole - 2008/2009

Laboratorio 1 - (24 marzo 2009)

Preliminari

assegnazione account

• Assegnazione nome utente e password
• (uso della posta elettronica su studenti.fisica.unifi.it)

ripasso UNIXtypeset@protect @@footnote SF@gobble@opt fare riferimento alle dispense sul ``sistema operativo'' in http://www.chim.unifi.it/u/signo/did/unixhttp://www.chim.unifi.it/ signo/did/unix e configurazione utente

1. Aprire una sessione facendo login con il nome del vostro utente e password.
2. Aprire un terminale usando il menù principale del Desktop.
3. Ripassare la ``sintassi generale di un comando'' [tab. 4.1]
4. Ripassare il ``percorso assoluto e relativo'' per indicare file e directory [fig. 4.1]
5. Ripassare i comandi per la ``gestione essenziale di file e directory'' [tab. 4.2]
6. Copiare il file ~signorini/etc/bashrc.global su ~/.bashrc
7. Copiare il file ~signorini/etc/init.el su ~/.emacs
8. uscire dal terminale e rientrare

Editor di testo: emacstypeset@protect @@footnote SF@gobble@opt sez. 5.1

1. differenza tra editor di testo e word processor typeset@protect @@footnote SF@gobble@opt sez. 4.5.1
2. Lanciare emacs, col comando

   emacs

3. provare a uscire
4. rientrare lanciando il comando in background

   emacs &

5. osservare le varie aree dello schermo
   1. barra menu
   2. area di lavoro: il buffer
   3. riga di stato (Mode Line)
   4. minibuffer
6. menu, scorciatoie e comandi ``complessi''
7. help: Apropos, Key, Whereis (locate); Tutorial
8. differenza tra buffer e file
9. editare il file ~/.plan
   1. inserire n.o matricola e codice corso di laurea
10. ``editare'' una directory: dired

Diagrammare dati e funzioni: gnuplot

Ripassaretypeset@protect @@footnote SF@gobble@opt sez. 6.1; cfr. anche http://www.gnuplot.infohttp://www.gnuplot.info come fare a

1. diagrammare file di dati
2. diagrammare funzioni
3. fit di una funzione su dati
4. stampare una figura e salvarla su un file (jpeg)

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Struttura e Dinamica di Biomolecole - 2008/2009

Laboratorio 1 - (24 marzo 2009)

Esercizio: verifica della validità della distribuzione canonica delle energie nel solido di Einstein e in problemi simili

il problema

Fare riferimento all'esempio riportato nel capitolo ``Insieme canonico'' (4.3) delle lezioni. Il modello è un contenitore isolato con $N$ particelle che si scambiano energia in quantità unitarie, mantenendo costante l'energia totale $E$: la distribuzione delle energie delle particelle segue una distribuzione canonica nel limite $N\rightarrow\infty,E\rightarrow\infty,E\gg N$.

Il modello è applicabile a campi diversi: ad esempio, alla distribuzione di $E$ gettoni su una scacchiera con $N$ caselle (con rimescolamento casuale dei gettoni tra le caselle).

creazione dei dati

Si usa il programma canon

1. creare la directory canonic sotto la propria home
2. copiare il file di dati ~signorini/canonic/data/c.in su ~/canonic/
3. copiare il programma ~signorini/canonic/canon su ~/canonic/
4. editare il file di dati:
   1. modificare il numero di caselle e il numero di gettoni in modo da ottenere un diverso rapporto
   2. eventualmente, modificare il numero di mosse e la frequenza di campionamento
5. lanciare il programma con

   canon c

6. esaminare i file di output c.out e c.tbl con emacs

visualizzazione risultati e fit

Usare gnuplot per visualizzare i risultati e ottenere un fit sulla funzione

$$P(x)=\frac{1}{Q}e^{-\beta x}$$

gnuplot> p(x)=1./q*exp(-beta*x)

gnuplot> fit p(x) 'c.out' u 0:1 via q,beta

gnuplot> plot 'c.out' u 0:1, p(x)

Stampare il grafico con

gnuplot> set term jpeg

gnuplot> set out 'figura.jpeg'

gnuplot> !a2ps figura.jpeg