tmp

preparazione dell'input; si deve solo modificare il blocco &SIMULATION

&SIMULATION
...

THERMOS
cofm 30.0

solute 30.0

solvent 30.0

temp_limit 1000.
END
&END

verifica delle proprietà del sistema

energie
1. L'energia del sistema, EREAL, non è costante; è costante l'Hamiltoniano di Nosé-Hoover
  
  $\displaystyle H_{NH}$ $\textstyle =$ $\displaystyle \sum\frac{p_{i}^{2}}{2m_{i}}+U(\mathbf{r})+\frac{p_{\eta}^{2}}{2Q}+\frac{L}{\beta}\eta$ (1)
  
  $\displaystyle EREAL$ $\textstyle =$ $\displaystyle \sum\frac{p_{i}^{2}}{2m_{i}}+U(\mathbf{r})$ (2)
  
  $\displaystyle KINH$ $\textstyle =$ $\displaystyle \frac{p_{\eta}^{2}}{2Q}$ (3)
  
  $\displaystyle HPOT$ $\textstyle =$ $\displaystyle \frac{L}{\beta}\eta$ (4)
2. confrontare l'andamento e soprattutto le fluttuazioni dell'energia totale nell'insieme NVT con quella dell'insieme NVE con medesimo input
3. vedere la dipendenza del risultato dal valore delle ``masse'' del termostato
4. verificare l'entità delle fluttuazioni dell'energia cinetica
RMSD
confrontare l'andamento e il valore finale di RMSD nell'insieme NVT con quelle dell'insieme NVE con medesimo input

Considerazioni sul calcolo dei dati di input

lato cella è opportuno che sia almeno il doppio della lunghezza della proteina
densità dell'acqua:

$\begin{eqnarray*} \rho/amu\cdot\AA^{-3} & = & \rho/g\cdot cm^{-3}\cdot\frac{g}{a... ...)^{3}\\ & = & \rho/g\cdot cm^{-3}\cdot0.6023\\ & \simeq & 0.6\end{eqnarray*}$

Per

molecole di acqua in un box di lato

Angstrom:

$\begin{displaymath} \rho/amu\cdot\AA^{-3}=0.6=\frac{18n}{L^{3}}\end{displaymath}$

Se , si ha $n=999.8\simeq10^{3}$ . Si può dunque scegliere

$\begin{eqnarray*} n & = & 10^{3}\\ L & = & 31.07\end{eqnarray*}$

copiare sulla propria directory di lavoro il file di input:

~signorini/biomol/orac/data/slv.in

copiare sulla propria directory di lavoro il file di coordinate della molecola di $H_{2}O$ :

~signorini/biomol/orac/pdb/water.pdb

Notare le differenze rispetto al file utilizzato per la simulazione nel vuoto (magari usando il comando ediff di Emacs ):

&INOUT
RESTART
write 500.0 OPEN chigno.rst
END

ASCII 200.0 OPEN chigno.pdb

[...]
&END

lanciare, salvando un restart

notare quanto è più lenta la simulazione aggiungendo il solvente (circa 10 volte)

monitorare le energie, in particolare:

Tutte queste grandezze sono listate nel file energie.

Si controllano usando gnuplot

Visualizzare il sistema in VMD

vedere se la RMSD rispetto alla conformazione sperimentale è minore che nel vuoto

Corso di Laurea Specialistica in Chimica delle Molecole di Interesse Biologico

$\displaystyle H_{NH}$	$\textstyle =$	$\displaystyle \sum\frac{p_{i}^{2}}{2m_{i}}+U(\mathbf{r})+\frac{p_{\eta}^{2}}{2Q}+\frac{L}{\beta}\eta$	(1)
$\displaystyle EREAL$	$\textstyle =$	$\displaystyle \sum\frac{p_{i}^{2}}{2m_{i}}+U(\mathbf{r})$	(2)
$\displaystyle KINH$	$\textstyle =$	$\displaystyle \frac{p_{\eta}^{2}}{2Q}$	(3)
$\displaystyle HPOT$	$\textstyle =$	$\displaystyle \frac{L}{\beta}\eta$	(4)