Materiale per il corso di

Struttura e Dinamica Molecolare di Sistemi Biologici

(Corso di Laurea Magistrale in Scienze Chimiche, Curriculum "Struttura, dinamica e reattività chimica")

Anno Accademico 2009-2010

Appunti di lezioni:

• Simulazioni di Molecole di Interesse Biologico (PDF)

Appunti per le esercitazioni di laboratorio:

• Laboratorio 1 (6/11/2009) [ripasso UNIX, emacs, gnuplot; installazione e test di ORAC]: HTML / PDF / PostScript
• Laboratorio 2 (13/11/2009) [Preparazione input per MD di chignolina: PDB, Force Field e Topologia; minimizzazione energia]: HTML / PDF / PostScript
• Laboratorio 3 (20/11/2009) [Chignolina: simulazione N,V,E e N,V,T nel vuoto]: HTML / PDF / PostScript
• Laboratorio 4 (27/11/2009) [Chignolina: simulazioni in solvente]: HTML / PDF / PostScript
• Laboratorio 5 (4/12/2009) [Esercizio: simulazione di GPM12 in acqua]: HTML / PDF / PostScript
• Laboratorio 6 (18/12/2009) [Simulazioni REM di GPM12, a partire da struttura piegata e elongata]: HTML / PDF / PostScript
• Laboratorio 7 (8-11/1/2010) [Esame dei risultati delle simulazioni REM: energie delle repliche; andamento di parametri configurazionali (es. distanza testa-coda); stima della stabilita` della struttura piegata. Confronto con simulazioni tradizionali di analoga durata (20 ns)] HTML / PDF / PostScript
• Laboratorio 8 (15-19/1/2010) [Calcolo dell'energia libera di folding/unfolding da simulazioni di Dinamica Guidata] HTML / PDF / PostScript

Valutazione delle esercitazioni

• criteri di valutazione

• Presentazione: PDF
• manuale

• Istruzioni per l'uso ( PDF, 1.3 MiB)

• I file in formato HTML sono stati tradotti in modo automatico e possono presentare qualche difficoltà di lettura.

Giorgio F. Signorini (signo@chim.unifi.it).
Tutto il materiale presente su questo sito è pubblicato secondo una licenza Creative Commons (Attribution-NonCommercial-ShareAlike 2.5).