Materiale per il corso di

Struttura e Dinamica Molecolare di Sistemi Biologici

(Corso di Laurea Magistrale in Scienze Chimiche, Curriculum "Struttura, dinamica e reattività chimica")

Anno Accademico 2010-2011

Appunti di lezioni:

• Simulazioni di Molecole di Interesse Biologico (PDF)

Appunti per le esercitazioni di laboratorio:

• Laboratorio 1 (15/11/2010) [ripasso UNIX/emacs; costruzione di molecole (mutanti del GPM12) con VMD; minimizzazione potenziale con ORAC]: HTML / PDF / PostScript
• Laboratorio 2 (29/11/2010) [Simulazione MD della molecola nel vuoto (insieme NVE e NVT)]: HTML / PDF / PostScript
• Laboratorio 3 (6/12/2010) [simulazioni nel solvente]: HTML / PDF / PostScript
• Laboratorio 4 (13/12/2010) [Esercizio: simulazione di un peptide in condizioni di laboratorio con MD standard]:
• Laboratorio 5 (10/1/2011) [Simulazione REM: preparazione input]: HTML / PDF / PostScript
• Laboratorio 6 (17/1/2011) [Simulazione REM: seguito e primo esame dei risultati. Ciclo di segmenti di traiettoria. Primo esame dei risultati.] HTML / PDF / PostScript
• Laboratorio 7 (24/1/2011) [Esame dei risultati delle simulazioni REM: energie delle repliche; andamento di parametri configurazionali (es. distanza testa-coda)] HTML / PDF / PostScript
• Laboratorio 8 (31/1/2011) [Esercizio: simulazione REM-MD di un piccolo peptide]

Valutazione delle esercitazioni

• criteri di valutazione

• Presentazione: (PDF)
• manuale (PDF)

• Istruzioni per l'uso ( PDF, 1.3 MiB)

• I file in formato HTML sono stati tradotti in modo automatico e possono presentare qualche difficoltà di lettura.

Giorgio F. Signorini (giorgio.signorini@unifi.it).
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