Corso di Laurea Magistrale in Scienze Chimiche, Curriculum "Struttura, dinamica e reattività chimica"

Struttura e Dinamica Molecolare di Sistemi Biologici - 2010/2011

portarsi in ~/orac/data; creare un input di ORAC (es. protein.in) per una simulazione:
1. nel potenziale si omette il cutoff (i cutoff per le varie shell sono definiti nel blocco &INTEGRATOR), e si levano gli stretching C-H, N-H, O-H
  
  &POTENTIAL
  [...]
  
  # CUTOFF 100.
  
  STRETCHING HEAVY
  &END
2. inserire il blocco &INTEGRATOR e modificare il blocco &SIMULATION
  
  &SIMULATION
  MDSIM
  
  TEMPERATURE 300.0 40.0
  &END
  
  &INTEGRATOR
  TIMESTEP 2.0
  
  MTS_RESPA
  step intra 2
  
  step intra 2
  
  step nonbond 1 100.
  
  test_times OPEN energie
  END
  &END
  
  Note:
  - nel caso di una molecola nel vuoto si suddivide solo il potenziale ``legato''; quello ``non legato'' ha un timestep unico.
  - il timestep del potenziale non legato deve essere più basso che nel solvente, anche a medio-lungo raggio (tanto l'aggravio di calcolo è trascurabile); questo perché i moti sono presumibilmente più veloci
  - il cutoff deve essere alto (cariche), ma meno del lato della pseudo-cella
3. modificare il blocco &RUN :
  
  &RUN
  CONTROL 0
  
  REJECT 0.0
  
  TIME 10000.0
  
  PRINT 100.0
  
  PROPERTY 1000.0
  &END
lanciare il programma con output sullo schermo

orac < protein.in
lanciare il programma con output su file

orac < protein.in > protein.out
verificare la conservazione dell'energia totale (media stabile):

plot -2,9 energie
se l'energia non si conserva, diminuire i timestep

Analizzare

$\displaystyle H_{NH}$	$\textstyle =$	$\displaystyle \sum\frac{p_{i}^{2}}{2m_{i}}+U(\mathbf{r})+\frac{p_{\eta}^{2}}{2Q}+\frac{L}{\beta}\eta$	(1)
$\displaystyle EREAL$	$\textstyle =$	$\displaystyle \sum\frac{p_{i}^{2}}{2m_{i}}+U(\mathbf{r})$	(2)
$\displaystyle KINH$	$\textstyle =$	$\displaystyle \frac{p_{\eta}^{2}}{2Q}$	(3)
$\displaystyle HPOT$	$\textstyle =$	$\displaystyle \frac{L}{\beta}\eta$	(4)