Esercitazione 2

1. Aprire un terminale. Editare il file ~/2.risposte con pico. In questo file devono essere riportate le risposte ad alcune domande dei seguenti esercizi. Aprire un altro terminale.
2. Fare la lista della directory /local/iraf/imdirs/anna (usare il comando ls -l).
3. Usare man ls per esaminare le varie opzioni POSIX del comando ls; usare una o più di queste opzioni per visualizzare una lista dei file (e sottodirectory) di /local/iraf/imdirs/anna ordinate secondo l'orario di ultima modifica, dalla più antica alla più recente. Qual è il file o sottodirectory modificato più di recente? (Riportare la risposta nel file ~/2.risposte aperto all'inizio)
4. Quante sono le sottodirectory di /users/b/chimica? (Riportare la risposta nel file ~/2.risposte aperto all'inizio). Suggerimento:
   1. usare il carattere di reindirizzamento dell'output (>) per mettere l'output del comando ls -l nel file temporaneo a.000
   2. usare il comando wc -l < a.000 per contare il numero di righe di questo file
   3. ottenere lo stesso risultato senza passare attreverso il file temporaneo, combinando i due comandi precedenti in una pipeline.

5. Il file ~infochim/wrk/telefonico.txt contiene un elenco telefonico del personale dell'Università. Usare il comando grep per selezionare le righe relative a persone che si chiamano Michele. Usare il comando sort in successione (pipeline) a grep per ordinare queste righe in ordine alfabetico di cognome (la prima parola). Dirigere l'output sul file ~/2.michele
6. Portarsi sulla directory ~infochim/wrk/pdb. Questa directory contiene file di coordinate molecolari scritte nel formato PDB: le coordinate degli atomi si trovano nelle righe che cominiciano per ATOM, una riga per atomo, come nel seguente  esempio:

   ATOM      1  N   MET     1     127.117  33.271 -15.101  1.00  0.00           N  
   ATOM      2  CA  MET     1     126.476  34.059 -14.008  1.00  0.00           C  
   ATOM      3  C   MET     1     124.981  34.233 -14.286  1.00  0.00           C  
   ATOM      4  O   MET     1     124.194  34.449 -13.383  1.00  0.00           O  
   ATOM      5  CB  MET     1     127.188  35.411 -14.022  1.00  0.00           C  
   ATOM      6  CG  MET     1     128.474  35.312 -13.199  1.00  0.00           C  
   ATOM      7  SD  MET     1     129.210  36.956 -13.022  1.00  0.00           S 

   L'ultima colonna indica la specie atomica.

   Usando i comandi grep e wc, contare quanti atomi di N sono contenuti in ciascuna delle molecole descritte nei seguenti file:

   • 1a5e.pdb
   • 1qu5.pdb
   • 3rpb.pdb

   (Riportare la risposta nel file ~/2.risposte aperto all'inizio)

7. Usare il comando echo per stampare su video la frase "Nel mezzo del cammin di nostra vita". Dirigere l'output di questo comando sul file ~/2.terzina. Sempre usando echo e l'operatore ">>" aggiungere in coda a questo file, una alla volta, le seguenti righe:

   mi ritrovai per una selva oscura 
   che la diritta via era smarrita

8. Le variabili HOSTNAME e TERM sono predefinite e contengono, rispettivamente, il nome del vostro calcolatore e il tipo di terminale. Stampare su video il loro contenuto. Stampare su video la frase "Nome calcolatore: ...; tipo terminale: ..." facendo in modo che al posto di ... compaia, nell'ordine, il nome del vostro calcolatore e il tipo di terminale. NB: il carattere ";" deve risultare stampato su video. Dirigere l'output del comando sul file ~/2.info
9. Creare la directory ~/tmp e copiarvi tutti i file della directory /etc/sysconfig il cui nome finisce per d
10. Copiare il file ~infochim/wrk/pdb/butane-a.pdb nella vostra home directory con il nome butano.pdb. Lanciare il comando
    

    jmol butano.pdb  
    in background.

    1. dal menu Display/Atom Labels selezionare Atom Numbers
    2. dal menu Measure/Distance calcolare la distanza tra l'atomo 1 e l'atomo 2 (selezionarli con il tasto sinistro del mouse, poi premere il bottone Add to Measurement List); e quella tra l'atomo 2 e l'atomo 3. Sono uguali o diverse? Riportare la risposta nel file ~/2.risposte aperto all'inizio.
    3. dal terminale, aprire il file butano.pdb con pico. Modificare la posizione dell'atomo 2 in modo da rendere la lunghezza di legame 1-2 minore della lunghezza 2-3. Si può visualizzare la struttura molecolcare modificata in jmol, ricaricando il file butano.pdb (menu File/Recent Files ...) e ripetendo il punto precedente.

11. Salvare, da pico, il file ~/2.risposte . Uscire da pico. Spostare tutti i file della vostra home directory il cui nome comincia per "2." sulla directory ~/Esercizi creata nell'esercitazione precedente.