Esercitazione 2 - parte guidata

1. Quante sono le sottodirectory di /users/b/chimica? Suggerimento:
   1. usare il carattere di reindirizzamento (>) per scrivere l'output del comando ls -l nel file temporaneo a.000
   2. usare il comando wc -l < a.000 per contare il numero di righe di questo file
   3. ottenere lo stesso risultato senza passare attreverso il file temporaneo, combinando i due comandi precedenti in una pipeline.

2. Il file ~infochim/wrk/telefonico.txt contiene un elenco telefonico del personale dell'Università. Usare il comando grep per selezionare le righe relative a persone che si chiamano Michele. Usare il comando sort in successione (pipeline) a grep per ordinare queste righe in ordine alfabetico di cognome (la prima parola). Dirigere l'output sul file ~/2.michele
3. Portarsi sulla directory ~infochim/wrk/pdb. Questa directory contiene file di coordinate molecolari scritte nel formato PDB: le coordinate degli atomi si trovano nelle righe che cominiciano per ATOM, una riga per atomo, come nel seguente  esempio:

   ATOM      1  N   MET     1     127.117  33.271 -15.101  1.00  0.00           N  
   ATOM      2  CA  MET     1     126.476  34.059 -14.008  1.00  0.00           C  
   ATOM      3  C   MET     1     124.981  34.233 -14.286  1.00  0.00           C  
   ATOM      4  O   MET     1     124.194  34.449 -13.383  1.00  0.00           O  
   ATOM      5  CB  MET     1     127.188  35.411 -14.022  1.00  0.00           C  
   ATOM      6  CG  MET     1     128.474  35.312 -13.199  1.00  0.00           C  
   ATOM      7  SD  MET     1     129.210  36.956 -13.022  1.00  0.00           S 

   L'ultima colonna indica la specie atomica.

   Usando i comandi grep e wc, contare quanti atomi di N sono contenuti in ciascuna delle molecole descritte nei seguenti file:

   • 1a5e.pdb
   • 1qu5.pdb
   • 3rpb.pdb

4. Copiare il file ~infochim/wrk/pdb/butane-a.pdb nella vostra home directory con il nome butano.pdb. Portarsi nella propria home directory e lanciare il comando jmol in background.
   1. aprire butano.pdb tramite il menu Open/File
   2. dal menu Display/Atom Labels selezionare Atom Numbers
   3. dal menu Measure/Distance calcolare la distanza tra l'atomo 1 e l'atomo 2 (selezionarli con il tasto sinistro del mouse, poi premere il bottone Add to Measurement List); e quella tra l'atomo 2 e l'atomo 3. Sono uguali o diverse?
   4. dal terminale, aprire il file butano.pdb con pico. Modificare la posizione dell'atomo 2 in modo da rendere la lunghezza di legame 1-2 minore della lunghezza 2-3. Si può visualizzare la struttura molecolcare modificata in jmol, ricaricando il file butano.pdb (menu File/Recent Files ...) e ripetendo il punto precedente.

5. Copiare il file ~infochim/wrk/ga.dat sulla propria home directory con il nome ga.dat. Dalla propria home directory, lanciare il programma gnuplot
   1. Per diagrammare i punti sperimentali contenuti nel file ga.dat si dà il comando

      plot 'ga.dat'

      (notare le virgolette che delimitano il nome del file)

   2. per diagrammare il logaritmo della seconda colonna in funzione della prima:

      plot 'ga.dat' using 1:(log($2))

   3. fare il fit di una retta su questi dati con il comando

      fit a*x+b 'ga.dat' using 1:(log($2)) via a, b

   4. diagrammare i dati insieme alla funzione di fit con il comando

      plot 'ga.dat' using 1:(log($2)), a*x+b

   5. salvare la sessione di gnuplot con il comando

   save 'ga.gnu'

   e uscire da gnuplot dando exit