Esercitazione 2 (3)

1. Aprire un terminale. Editare il file ~/2.risposte con pico. In questo file devono essere riportate le risposte ad alcune domande dei seguenti esercizi. Aprire un altro terminale.
2. Fare la lista della directory /local/iraf/imdirs/anna (usare il comando ls -l).
3. Usare man ls per esaminare le varie opzioni POSIX del comando ls; usare una o più di queste opzioni per visualizzare una lista dei file (e sottodirectory) di /local/iraf/imdirs/anna ordinate secondo l'orario, dalla più antica alla più recente. Qual è il file o sottodirectory modificato più di recente? (Riportare la risposta nel file ~/2.risposte aperto all'inizio)
4. Quante sono le sottodirectory di /local/iraf/imdirs? (Riportare la risposta nel file ~/2.risposte aperto all'inizio). Suggerimento:
   1. usare il carattere di reindirizzamento dell'output (>) per mettere l'output del comando ls -l nel file temporaneo a.000
   2. usare il comando wc -l < a.000 per contare il numero di righe di questo file
   3. ottenere lo stesso risultato senza passare attreverso il file temporaneo, combinando i due comandi precedenti in una pipeline.

5. Il file ~infochim/wrk/telefonico.txt contiene un elenco telefonico del personale dell'Università. Usare il comando grep per selezionare le righe relative a persone che si chiamano Michele. Usare il comando sort in successione (pipeline) a grep per ordinare queste righe in ordine alfabetico di cognome (la prima parola). Dirigere l'output sul file ~/2.michele
6. Portarsi sulla directory ~infochim/wrk/pdb . Questa directory contiene file di coordinate molecolari scritte nel formato PDB: le coordinate degli atomi si trovano nelle righe che cominiciano per ATOM o HETATM, una riga per atomo, come nel seguente  esempio:

   ATOM      1  N   MET     1     127.117  33.271 -15.101  1.00  0.00           N  
   ATOM      2  CA  MET     1     126.476  34.059 -14.008  1.00  0.00           C  
   ATOM      3  C   MET     1     124.981  34.233 -14.286  1.00  0.00           C  
   ATOM      4  O   MET     1     124.194  34.449 -13.383  1.00  0.00           O  
   ATOM      5  CB  MET     1     127.188  35.411 -14.022  1.00  0.00           C  
   ATOM      6  CG  MET     1     128.474  35.312 -13.199  1.00  0.00           C  
   ATOM      7  SD  MET     1     129.210  36.956 -13.022  1.00  0.00           S 

   L'ultima colonna indica la specie atomica.

   Usando i comandi grep e wc, contare quanti atomi di N sono contenuti nelle molecole descritte nei seguenti file:

   • 1a5e.pdb
   • 1qu5.pdb
   • 3rpb.pdb

   (Riportare la risposta nel file ~/2.risposte aperto all'inizio)

7. Usare il comando echo per stampare su video la frase "Nel mezzo del cammin di nostra vita". Dirigere l'output di questo comando sul file ~/2.terzina . Sempre usando echo e l'operatore "> >" aggiungere in coda a questo file, una alla volta, le seguenti righe:

   mi ritrovai per una selva oscura 
   che la diritta via era smarrita

8. Le variabili HOSTNAME e TERM sono predefinite e contengono, rispettivamente, il nome del vostro calcolatore e il tipo di terminale. Stampare su video il loro contenuto. Stampare su video la frase "Nome calcolatore: ...; tipo terminale: ..." facendo in modo che al posto di ... compaia, nell'ordine, il nome del vostro calcolatore e il tipo di terminale. NB: il carattere ";" deve risultare stampato su video. Dirigere l'output del comando sul file ~/2.info
9. Creare la directory ~/tmp e copiarvi tutti i file della directory /etc/sysconfig il cui nome finisce per d
10. Copiare il file ~infochim/wrk/pdb/butane-a.pdb nella vostra home directory con il nome butano.pdb. Lanciare il comando
    jmol butano.pdb  
    in background.
    1. dal menu Display \triangleright Atom Labels selezionare Atom Numbers
    2. dal menu Measure \triangleright Distance calcolare la distanza tra l'atomo 1 e l'atomo 2 (selezionarli con il tasto sinistro del mouse, poi premere il bottone Add to Measurement List); e quella tra l'atomo 2 e l'atomo 3. Sono uguali o diverse? Riportare la risposta nel file ~/2.risposte aperto all'inizio.
    3. dal terminale, aprire il file butano.pdb con pico. Modificare la posizione dell'atomo 2 in modo da rendere la lunghezza di legame 1-2 minore della lunghezza 2-3. Si può visualizzare la struttura molecolcare modificata in jmol, ricaricando il file butano.pdb (menu File \triangleright Recent Files ...) e ripetendo il punto precedente.

11. Salvare, da pico, il file ~/2.risposte . Uscire da pico. Spostare tutti i file della vostra home directory il cui nome comincia per "2." sulla directory ~/Esercizi creata nell'esercitazione precedente.